近年来，泉州少林寺为了更好地将武术发扬光大，开始训练“十三棍僧”，图为学员正在训练。

明洪武十年（1377年），玄妙观法本（宋末千僧抗元之后逃至德化的少林寺僧人）劝募州官黄中立“疏奏朝廷，敕修少林寺”。僧人传技击于泉南。此为泉州少林寺的第三次兴起。

上世纪80年代，嵩山少林寺德虔法师的《少林武僧志》称：“《少林寺内传》载，垣然和尚武功超群，受到（明）嘉靖皇帝的嘉奖。当年垣然和尚的高足月空法师曾受命带领30多个打出山门的武僧，到福建泉州平倭立功，并在那里建立一座少林寺，做了该寺的方丈。”可知《少林寺内传》明确记载明代泉州有个少林寺，至于说是新建，应为误传，实为复建。

清乾隆年间，乾隆皇帝因担心南少林武僧与郑成功的部下联手抗清，“乾隆二十八年（1763年）秋诏焚少林寺……从兹无复敢修者”。部分少林寺僧避于南安一片寺。此为泉州少林寺第三次被毁。

1992年10月，泉州少林寺在泉州市委市政府及社会各界的关心下，重建于清源山凤山山麓。名刹复立，世皆欣慰。信步于幽寂的少林寺院，瞻庙宇之巍峨，听禅音佛号之缭绕不绝，观地上树影婆娑，落叶层层，更能感悟这座寺院千年站立的不易。