南安文庙残存几乎被茂密树林和草丛所遮蔽，仅露出一角。

在重视文教政策的导引下，明廷还在地方设立提学官、提调官、学官三级管理体制，加强府、县学的行政管理，同时吸引更多名儒参与兴教，提升府、县学的教学质量。据民国《南安县志·职官志》介绍，明时，南安县学设“儒学署”，为地方官学的行政机构。整个大明王朝276年间，南安县学共有教谕46人、训导77人。这些人中不少是名师宿儒，如包原明、郭器、彭显烈、陈恩、区鹤鸣、龚士镖等，他们学问渊深、笃实严谨，对南安文教的较快发展，起到了不可小觑的推动作用。在这一期间，南安文教出现“百里之间，弦诵相闻”的盛景，读书风气浓郁。

清朝在基本沿袭明朝教育制度的前提下，施行笼络与钳制兼施的文教政策。清代的几次文字狱，对各地府、县学打击颇大，儒生的思想受到严重禁锢，自由讲学、辩论的风气已大不如前朝。清顺治元年（1644年），兵寇毁坏南安文庙，顺治十四年（1657年）重修。康熙三年（1664年），文庙遭遇大水倾圮，庙前石坊也坍塌。从康熙六年（1667年）起，历经雍正、乾隆、道光、咸丰、光绪等朝，先后重修了南安文庙的戟门、棂星门、大殿、两庑、启圣祠、文昌阁、奎星阁、名宦祠、乡贤祠、朱子祠、崇圣祠、四门先生祠、石坊等。据民国《南安县志》载，清代南安文庙曾有两名来自建安（今建瓯）的教谕十分有名，其一是解元潘金卣，另外一位是举人陈翰墨。

民国初，南安文庙还有两次修缮：一次在1913年，增建明伦堂东西房，并葺云泮桥；另一次在1915年，修葺两庑。到了1952年，因庙殿失火蔓延廊庑，南安文庙被烧得仅存前门及部分残垣，令人痛心。

斗转星移，沧海桑田。回首南安文庙历史，有辉煌时刻，也有落寞时分，兴衰兼具。如今该文庙意欲复建，犹如一文化之塔将重新屹立，民众欢欣鼓舞。泉州市文物保护研究中心研究员陈鹏鹏表示，南安文庙历史格局比较完整，建议对现存旧址环境进行全面的清理整治，并进行科学考古勘探，取得详细历史信息，为南安文庙保护修复及重建工程提供科学依据。修复及重建应尽最大程度保留遗构，呈现原有建筑规制。